Η χλωρεξιδίνη έχει ένα ευρύ φάσμα αντιβακτηριδιακής δραστηριότητας που περιλαμβάνει τα gram-θετικά και gram-αρνητικά βακτήρια. Ο αντιβακτηριδιακός τρόπος δράσης της ερμηνεύεται από το ότι το κατιονικό μόριο της χλωρεξιδίνης προσελκύεται από την αρνητικά φορτισμένη βακτηριακή κυτταρική επιφάνεια, προσροφάται από αυτήν και μεταβάλλεται με αποτέλεσμα την διαρροή βακτηριακών συστατικών χαμηλού μοριακού βάρους σε χαμηλές δόσεις ή την καταστροφή της μεμβράνης τους σε υψηλές δόσεις. Επιπλέον η χλωρεξιδίνη έχει το πλεονέκτημα μεγάλης διάρκειας υποουλικής δράσης λόγω του ότι δεσμεύεται στους ενδοστοματικούς μαλακούς και σκληρούς ιστούς.
Θεωρείται δεδομένο ότι τα μικροβιακά φορτία του σάλιου μειώνονται 95% με τις πλύσεις χλωρεξιδίνης και υπάρχει η εμπειρία της αντιστροφή της πορείας σοβαρής περιεμφυτευματίτιδας από την χρήση της. Η συμβολή της είναι σημαντική και στην χειρουργική στόματος όπου και παρατηρήθηκε μείωση των συμβαμάτων ξηρού φατνίου μετά από την εξαγωγή εγκλείστων σωφρονιστήρων της κάτω γνάθου με πρωτόκολλο 0,12 % 30 sec πριν την εξαγωγή, μετά την εξαγωγή και πριν την συρραφή, και 2 φορές την μέρα για 7 μέρες μετά. Πλύσεις 2 φορές την μέρα με 15 ml χλωρεξιδίνης 0,12 % βρέθηκε ότι μειώνει τη συσσώρευση της πλάκας, βελτιώνει την υγεία των βλεννογόνων, βελτιώνει την επούλωση και μειώνει τις χειρουργικές επιπλοκές. Στην εμφυτευματολογία το ξέπλυμα με χλωρεξιδίνη 0,12 % αμέσως πριν την τοποθέτηση των εμφυτευμάτων και 2 φορές την μέρα για 2 βδομάδες μετά την επέμβαση είχε σαν αποτέλεσμα σημαντική μείωση του αριθμού των μετεγχειρητικών επιπλοκών (4.1% vs 8.7% της ομάδας χωρίς). Το συμπέρασμα της εργασίας είναι ότι η χλωρεξιδίνη μπορεί να μειώσει τις μικροβιακές επιπλοκές που σχετίζονται άμεσα με την απώλεια εμφυτευμάτων όταν χρησιμοποιηθεί στην άμεση περιεγχειρητική περίοδο.